Giáo hội hình thành trong cuộc đấu tranh đòi bình đẳng tôn giáo năm 1963 dưới thời Đệ Nhất Cộng hòa ở miền Nam Việt Nam. Vì chính sách nhiều người cho là ưu đãi Công giáo của chính phủ Ngô Đình Diệm, Phật tử miền Nam Việt Nam đã xuống đường đông đảo ủng hộ Phật giáo ở Huế, Đà Nẵng và Sài Gòn. Sự kiện Phật Đản năm 1963 khi Phật tử ở Huế công khai trương cờ Phật giáo ngày 8 tháng 5 bất chấp lệnh "cấm treo cờ" là ngòi thuốc nổ cho một chuỗi xung đột liên tục giữa chính quyền và các hội đoàn Phật giáo. Nhiều vụ vây chùa và bắt bớ tăng ni xảy ra trong cơn "Pháp nạn". Đến ngày 11 tháng 6 thì Hòa thượng Thích Quảng Đức tự thiêu tại Sài Gòn để phản đối chính sách bất bình đẳng của chính phủ. Sự kiện này gây chấn động khắp trong và ngoài nước khiến chính phủ Ngô Đình Diệm bị mất tín nhiệm. Năm tháng sau phe quân nhân đảo chính. Tổng thống Ngô Đình Diệm bị giết.

Trong thời gian sôi động đó Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất chính thức khai sinh tháng 1 năm 1964 nhằm quy tụ các hội đoàn, tông phái Phật giáo về một mối. Trước đó, Phật giáo Việt Nam không có cơ cấu tổ chức chặt chẽ nên tuy là số đông mà không có uy lực. Tổ chức quy mô toàn quốc duy nhất trước năm 1964 là Tổng hội Phật giáo Việt Nam thành lập từ năm 1951 gồm các thành phần Phật giáo Đại thừa khắp ba miền Nam, Trung, Bắc nhưng việc điều hành Tổng hội vẫn yếu. Phật giáo Nam tông thì lại có tổ chức riêng với tên Giáo hội Phật giáo Nguyên thủy, trụ sở ở chùa Kỳ Viên, Sài Gòn. Cuộc chính biến thúc bách các tổ chức Phật giáo miền Nam và miền Trung thuộc Phật giáo Đại thừa (Bắc tông) lẫn Phật giáo nguyên thủy (Nam tông) đoàn kết gia nhập dưới một hiến chương thành một giáo hội, lấy tên là Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất. Cuộc họp bắt đầu từ ngày 31 Tháng Chạp năm 1963 tại chùa Xá Lợi, Sài Gòn với:[1]

1. Ủy ban Liên phái Phật giáo: Thượng tọa Thích Tâm Châu
2. Giáo hội Tăng già Bắc Việt: Thượng tọa Thích Tâm Giác
3. Thiền tịnh Ðạo tràng: Thượng tọa Thích Minh Trực
4. Giáo hội Nguyên thủy Việt Nam: Thượng tọa Thích Pháp Tri
5. Giáo hội Theravada: Lục cả Lâm Em
6. Giáo hội Tăng già Bắc Việt tại miền Nam: Thượng tọa Thích Thanh Thái
7. Giáo hội Tăng già Trung phần: Thượng tọa Thích Huyền Quang
8. Giáo hội Tăng già Nam Việt: Thượng tọa Thích Thiện Hoa
9. Hội Phật học Nam Việt: cư sĩ Chánh Trí Mai Thọ Truyền
10. Hội Phật giáo Nguyên thủy: cư sĩ Nguyễn Văn Hiếu
11. Hội Phật giáo Trung phần: Thượng tọa Thích Trí Quang
12. Hội Việt Nam Phật giáo: cư sĩ Vũ Bảo Vinh
13. Ðại diện Phật tử Theravada: cư sĩ Sơn Thái Nguyên

Hòa thượng Thích Tịnh Khiết được suy tôn làm Tăng thống. Thượng tọa Thích Tâm Châu được bầu vào chức vụ Viện trưởng Viện Hóa đạo và Thượng tọa Thích Trí Quang giữ chức Tổng Thư ký Viện Tăng thống.[2] Chùa Ấn Quang tại Sài Gòn được chọn làm trụ sở sinh hoạt của Giáo hội.

Vì quan điểm trung lập chính trị, kêu gọi tái lập hòa bình tại Việt Nam, Giáo hội tuy được hoạt động đã gặp nhiều khó khăn với các chính phủ quân sự của tướng Nguyễn Khánh rồi Nguyễn Cao Kỳ trong những năm 1964-1967 và cả sau năm 1968 khi chiến tranh leo thang. Về mặt chính trị Giáo hội lập ra "Lực lượng Phật giáo Việt Nam", một cơ quan thuộc Viện Hóa đạo để tranh đấu và đề đạt nguyện vọng của Giáo hội với chính quyền. Chủ trương của Lực lượng này là làm áp lực với phe tướng lãnh để tái lập chính phủ dân sự. Ngoài ra Lực lượng Phật giáo cũng đòi phe Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam giải giới và rút về phía bắc vĩ tuyến 17.[3] Dù trong hoàn cảnh sôi động đó Giáo hội vẫn hoạt động mạnh trong cả hai lãnh vực Phật sự lẫn xã hội.